Franz Günthner ha iniziato lo studio dell'organo a Monaco di Baviera presso la Kath Kirchenmusik, proseguendo poi alla Staatliche Hochschule für Musik dove si è dedicato in particolare allo studio dell'improvvisazione, conseguendo nel 1994 il diploma finale di Organo.
Nella stessa città ha anche studiato presso il Richard-Strauss-Konservatorium approfondendo le pratiche esecutive storiche. Ha quindi seguito vari corsi di perfezionamento con alcuni tra i maggiori esponenti del panorama organistico quali O. Latry (Notre Dame, Parigi), J. Christensen (Schola Cantorum, Basilea), N. Hakim (Parigi), W. Seifen (Berlino), e T. Koopman (Amsterdam).
Da vari anni si è dedicato al repertorio del XVII e XVIII secolo, perfezionandosi in Clavicembalo al Richard-Strauss-Konservatorium di Monaco con M. Eberth e collaborando come clavicembalista con diverse orchestre e gruppi musicali.
È stato organista alla chiesa di St. Bonifatius a Monaco e al Marienmünster di Diessen am Ammersee. Qui ha promosso varie prestigiose serie di concerti nell'ambito dei festival “Driessener Münsterkonzerte” e “Tage alter Musik Diesse”.
Nel 2011 Franz Günthner è stato nominato “Regionalkantor” per la Diocesi di Rottenburg-Stuttgart, responsabile dei distretti di Algovia, Alta Svevia e Lago di Costanza. Dallo stesso anno è organista titolare della chiesa di S. Martin a Leutkirch im Algau dove promuove e sviluppa una vivace attività corale e organistica anche come direttore artistico del Festival Organistico che si svolge lungo tutti i mesi dell'anno.
Come concertista d'organo Franz Günthner svolge da anni un0intensa attività nei maggiori festival europei, presentando un ampio repertorio che spazia dagli autori antichi ai contemporanei ed esibendosi spesso come improvvisatore; ha inoltre registrato diversi CD molto apprezzati dalla critica musicale e ha partecipato a varie trasmissioni radiofoniche e televisive.